2ο κεφάλαιο: «Αντιγραφή, έκφραση και ρύθμιση της γενετικής πληροφορίας»

Υπόδειγμα άσκησης στο κεφάλαιο 2 της βιολογίας κατεύθυνσης

Ένας φάγος με δίκλωνο DNA μολύνει ένα βακτήριο. Το βακτήριο αυτό βρίσκεται σε θρεπτικό υλικό κυτταροκαλλιέργειας. Προκειμένου ο φάγος να δημιουργήσει τους απογόνους του, ξεκινάει την αντιγραφή του DNA του, αμέσως μόλις αυτό εισαχθεί στο βακτήριο. Στο θρεπτικό υλικό του βακτηρίου, όμως, παρέχονται μονάχα νουκλεοτίδια ραδιενεργού αζώτου. Μετά από τρεις κύκλους αντιγραφής, τα νέα μόρια DNA συγκροτούν νέους φάγους, οι οποίοι εξέρχονται από το βακτήριο. Οι νέοι φάγοι μεταφέρονται σε άλλη κυτταροκαλλιέργεια, όπου μολύνουν ισάριθμα βακτήρια. Στο θρεπτικό υλικό της νέας κυτταροκαλλιέργειας παρέχονται μονάχα νουκλεοτίδια ραδιενεργού φωσφόρου. Μέσα σε κάθε μολυσμένο βακτήριο, ο φάγος επιτελεί άλλους δύο κύκλους αντιγραφής του DNA του.

α. πόσα ιικά μόρια DNA προκύπτουν τελικά;

β. πόσοι κλώνοι των τελικών μορίων DNA αποτελούνται από νουκλεοτίδια ραδιενεργού αζώτου και πόσοι από νουκλεοτίδια ραδιενεργού φωσφόρου;

γ. πόσα από τα τελικά μόρια είναι υβρίδια (δηλαδή έχουν διαφορετική χημική σύσταση νουκλεοτιδίων στους δύο κλώνους τους);

 

Λύση…

α. Λέγοντας ιικά μόρια DNA, εννοούμε μόρια DNA του ιού, δηλαδή του φάγου. Ο αρχικός φάγος διαθέτει ένα μόριο νουκλεϊκού οξέος, του οποίου οι δύο κλώνοι είναι αποκλειστικά κατασκευασμένοι από μη ραδιενεργά νουκλεοτίδια. Το μόριο αυτό αντιγράφεται τρεις φορές, εντός του μολυσμένου βακτηρίου.

Κατά την πρώτη αντιγραφή, το μόριο DNΑ που εισάγει ο φάγος στο βακτήριο «ξετυλίγεται» και καθένας από τους δύο κλώνους χρησιμεύει ως καλούπι για τη σύνθεση ενός νέου, συμπληρωματικού κλώνου. Οι νέοι κλώνοι που συντίθενται αποτελούνται αποκλειστικά από νουκλεοτίδια ραδιενεργού αζώτου. Έτσι, καθένα από τα δύο δίκλωνα μόρια DNA που προκύπτουν έχει έναν κλώνο αποτελούμενο από μη ραδιενεργά νουκλεοτίδια και έναν κλώνο αποτελούμενο από νουκλεοτίδια ραδιενεργού αζώτου:

Κ/Κ → Κ/Ν και Κ/Ν

[όπου Κ: κλώνος μη ραδιενεργών νουκλεοτιδίων, Ν: κλώνος νουκλεοτιδίων ραδιενεργού αζώτου]

Κατά τη δεύτερη αντιγραφή, εφαρμόζεται και πάλι ο ημισυντηρητικός τρόπος. Με καλούπι κάθε αλυσίδα (οποιασδήποτε σύστασης) συντίθεται ένας κλώνος νουκλεοτιδίων ραδιενεργού αζώτου. Προκύπτουν τέσσερα μόρια, των οποίων η σύσταση κλώνων φαίνεται παρακάτω:

Κ/Ν → Κ/Ν και Ν/Ν

Κ/Ν → Κ/Ν και Ν/Ν

Κατά την τρίτη αντιγραφή, όλοι οι νεοσυντιθέμενοι κλώνοι κατασκευάζονται επίσης από νουκλεοτίδια ραδιενεργού αζώτου. Προκύπτουν τα ακόλουθα οχτώ μόρια:

Κ/Ν → Κ/Ν και Ν/Ν

Κ/Ν → Κ/Ν και Ν/Ν

Ν/Ν → Ν/Ν και Ν/Ν

Ν/Ν → Ν/Ν και Ν/Ν

Αφού προέκυψαν οχτώ μόρια DNA, οχτώ θα είναι και οι νέοι φάγοι που τα περιέχουν (ένα μόριο στον καθένα). Οι οχτώ αυτοί φάγοι, στην άλλη καλλιέργεια όπου μεταφέρονται, μολύνουν ισάριθμα βακτήρια, ακολουθώντας τη λογική πολλαπλασιασμού που εφαρμόστηκε παραπάνω. Αξίζει να σημειωθεί πως δύο από τους οχτώ φάγους διαθέτουν DNA σύστασης Κ/Ν και οι υπόλοιποι έξι φάγοι διαθέτουν DNA σύστασης Ν/Ν.

Ας δούμε πρώτα τι γενετικό υλικό θα προκύψει από τις δύο διαδοχικές αντιγραφές των (δύο) φάγων σύστασης Κ/Ν.

Κ/Ν → Κ/Ρ και Ν/Ρ → Κ/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Κ/Ν → Κ/Ρ και Ν/Ρ → Κ/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

[όπου Ρ: κλώνος νουκλεοτιδίων ραδιενεργού φωσφώρου]

Ας δούμε τώρα τι γενετικό υλικό θα προκύψει από τις δύο διαδοχικές αντιγραφές των (έξι) φάγων σύστασης Ν/Ν.

Ν/Ν → Ν/Ρ και Ν/Ρ → Ν/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Ν/Ν → Ν/Ρ και Ν/Ρ → Ν/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Ν/Ν → Ν/Ρ και Ν/Ρ → Ν/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Ν/Ν → Ν/Ρ και Ν/Ρ → Ν/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Ν/Ν → Ν/Ρ και Ν/Ρ → Ν/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Ν/Ν → Ν/Ρ και Ν/Ρ → Ν/Ρ, Ρ/Ρ, Ν/Ρ και Ρ/Ρ

Διαπιστώνουμε πως τα τελικά μόρια DNA είναι 32. Αναλυτικά:

2 μόρια Κ/Ρ

14 μόρια Ν/Ρ

16 μόρια Ρ/Ρ

β. Αφού υπάρχουν 14 μόρια Ν/Ρ, 14 είναι οι κλώνοι νουκλεοτιδίων ραδιενεργού αζώτου. Αφού υπάρχουν 2 μόρια Κ/Ρ, 14 μόρια Ν/Ρ και 16 μόρια Ρ/Ρ, 48 θα είναι οι κλώνοι νουκλεοτιδίων ραδιενεργού φωσφόρου.

γ. Υβρίδια είναι τα 2 μόρια Κ/Ρ και τα 14 μόρια Ν/Ρ. Συνολικά, ανέρχονται στα 16.

Μερικές επεξηγήσεις και ένα video για την έκφραση του DNA

Κάθε κύτταρο έχει το ρόλο του. Άλλο συσπάται για να πραγματοποιηθούν κινήσεις, άλλο αμύνεται εναντίον μικροβίων, άλλο διασπάει τροφές, άλλο δέχεται και μεταβιβάζει ερεθίσματα του περιβάλλοντος. Φυσικά, παραδείγματα υπάρχουν πολλά ακόμα. Παρά, όμως, τη μεγάλη ποικιλία ρόλων, που διαφοροποιεί τα κύτταρα μεταξύ τους, υπάρχουν και κάποια κοινά σημεία μεταξύ των κυττάρων αυτών. Ένα από αυτά τα κοινά σημεία είναι η ανάγκη τους για πρωτεΐνες. Όλα τα κύτταρα παράγουν πρωτεΐνες. Πώς, όμως, εξηγείται η «εμμονή» των κυττάρων να παράγουν πρωτεΐνες; Απλούστατα, οι ουσίες αυτές είναι λειτουργικά μόρια. Δηλαδή, οι πρωτεΐνες είναι χημικές ουσίες με τις οποίες το κύτταρο επιτελεί τη λειτουργία του, όποια κι αν είναι αυτή. Είναι φανερό ότι ανάλογα με τη λειτουργία του, το κύτταρο παράγει και διαφορετικές πρωτεΐνες. Πχ. το κύτταρο που συσπάται παράγει μυοσίνη, το κύτταρο που αμύνεται παράγει ανοσοσφαιρίνες, το κύτταρο που διασπάει τροφές παράγει πεπτικά ένζυμα, το κύτταρο που μεταβιβάζει ερεθίσματα παράγει ακετυλοχολίνη. Εδώ, χρήσιμο είναι να αναφερθεί πως λειτουργικά μόρια δεν είναι μονάχα οι πρωτεΐνες (είναι και κάποια μόρια RNA), αλλά σίγουρα οι πρώτες κατέχουν τον πρωταγωνιστικό ρόλο.

Πώς, λοιπόν, το κύτταρο θα συνθέσει πρωτεΐνες; Η διαδικασία ονομάζεται – προφανώς – πρωτεϊνοσύνθεση και χωρίζεται σε δύο βασικά στάδια. Το πρώτο είναι η μεταγραφή και το δεύτερο είναι η μετάφραση. Οι πορείες της μεταγραφής και της μετάφρασης συνοψίζονται με τον όρο έκφραση του DNA.

Για τη σύνθεση οποιασδήποτε πρωτεΐνης, απαραίτητη είναι η ύπαρξη γενετικής πληροφορίας. Η πληροφορία (δηλαδή η «συνταγή») για την κατασκευή της πρωτεΐνης είναι καταγραμμένη στο DNA. Για την ακρίβεια, είναι κωδικοποιημένη σε τμήματα (περιοχές) του DNA, που ονομάζονται γονίδια. Η κωδικοποίηση γίνεται με τις αζωτούχες βάσεις. Αυτές αποτελούν τα γράμματα με τα οποία γράφεται η «συνταγή». Απαραίτητη, όμως, είναι και η ύπαρξη ριβοσωμάτων. Τα ριβοσώματα είναι σωματίδια του κυττάρου που έχουν τη δυνατότητα να «διαβάζουν» τις αζωτούχες βάσεις και να καταλαβαίνουν ποια αμινοξέα πρέπει να συνδέσουν για να κατασκευάσουν σωστά την πρωτεΐνη. Το πρόβλημα είναι πως δε μπορούν να διαβάσουν τις βάσεις του γονιδίου, δηλαδή του τμήματος του DNA. Μπορούν, όμως, να διαβάσουν τις βάσεις ενός μονόκλωνου «αντίγραφου» του γονιδίου, που καλείται mRNA. Το μονόκλωνο αυτό μόριο κατασκευάζεται από ένα ένζυμο, την RNA πολυμεράση, μέσω μιας διαδικασίας που ονομάζεται μεταγραφή. Το ίδιο το όνομα της διαδικασίας φανερώνει πως η γενετική πληροφορία του γονιδίου ξαναγράφεται σε ένα άλλο μόριο, το mRNA. Στη συνέχεια, τα ριβοσώματα «διασχίζουν» κατά μήκος το mRNA, «διαβάζοντας» ανά τρεις τις αζωτούχες βάσεις του, καθορίζοντας τη σειρά των αμινοξέων που θα συνδεθούν μεταξύ τους.

Εκείνο, λοιπόν, που διαφαίνεται είναι η τεράστια χρησιμότητα της έκφρασης του DNA. Είναι μια διαδικασία που αποσκοπεί στην παραγωγή χρήσιμων για το κύτταρο ουσιών, των πρωτεϊνών. Δεν έχει καμία σχέση με την αντιγραφή του DNA, που αποσκοπεί στη μεταβίβαση του DNA στην επόμενη κυτταρική γενιά.

Η έκφραση αποτελεί πραγμάτωση της γενετικής πληροφορίας του DNA. Η αντιγραφή είναι η επανακατασκευή του DNA.

Η έκφραση συμβαίνει για να μπορέσει το ίδιο το κύτταρο που την πραγματοποιεί να εκτελέσει το ρόλο που του αναλογεί. Έχει να κάνει με το παρόν. Η αντιγραφή συμβαίνει με σκοπό να λάβουν τα κύτταρα της επόμενης γενιάς το DNA, στην πληρότητά του. Έχει να κάνει με το μέλλον.

Επομένως, η άποψη που θέλει το DNA να αντιγράφεται, ύστερα να μεταγράφεται και ύστερα να μεταφράζεται, με στόχο να κατασκευαστεί μια πρωτεΐνη, είναι μια στρέβλωση της πραγματικότητας. Είναι μια επικίνδυνη παρεξήγηση! Άλλη σκοπιμότητα εξυπηρετεί η αντιγραφή και άλλη σκοπιμότητα εξυπηρετούν η μεταγραφή και η μετάφραση.

Στην αρχή του video (0:00 – 0:35) γίνεται μια σύντομη αναφορά στην οργάνωση του DNA. Ύστερα (0:36 – 1:12), διευκρινίζεται ότι το γονίδιο είναι τμήμα του τεράστιου μορίου του DNA, που κατέχει γενετική πληροφορία. Η RNA πολυμεράση είναι το ένζυμο που ξετυλίγει τη διπλή έλικα του γονιδίου, τοποθετώντας ταυτόχρονα συμπληρωματικά ριβονουκλεοτίδια προς τη μία από τις δύο πολυνουκλεοτιδικές αλυσίδες. Περιγράφεται, δηλαδή, η μεταγραφή, πορεία κατά την οποία κατασκευάζεται το (πρόδρομο) mRNA. Κατόπιν, παρουσιάζεται η ωρίμανσή του (1:13 – 1:26) και η μεταφορά του από τον πυρήνα προς το κυτταρόπλασμα (1:27 – 1:39). Τέλος (1:40 – 2:41), ξεκινάει η μετάφραση του mRNA από το ριβόσωμα, με την πολύτιμη συνδρομή των μορίων tRNA, τα οποία τοποθετούν διαδοχικά τα αμινοξέα που καθορίζονται από τις τριάδες βάσεων του mRNA.

Μερικές επεξηγήσεις και ένα video για την αντιγραφή του DNA

Ας φέρουμε στο νου μας έναν οποιονδήποτε πολυκύτταρο οργανισμό. Δεν έχει σημασία αν σκεφτόμαστε άνθρωπο, αράχνη, βάτραχο, καρχαρία ή χελιδόνι. Τα κύτταρα που απαρτίζουν τον οργανισμό αυτό αναπαράγονται με διχοτόμηση. Αναπαράγονται, όχι μόνο κατά την πορεία ανάπτυξης (δηλαδή «μεγαλώματος») του οργανισμού, αλλά καθόλη τη διάρκεια της ζωής του. Κατά την πορεία ανάπτυξης, η αναπαραγωγή των κυττάρων στοχεύει κυρίως στην αύξηση του αριθμού τους, προκειμένου ο οργανισμός να μεγαλώσει. Ύστερα, όταν η ανάπτυξη ολοκληρωθεί, η αναπαραγωγή εξυπηρετεί την αναπλήρωση νεκρών κυττάρων.

Κατά τη διχοτόμηση, που αποτελεί την τελευταία πράξη ενός κυττάρου, το κύτταρο χωρίζεται στα δύο. Έτσι, δημιουργούνται δύο νέα κύτταρα. Θα μπορούσε κανείς να ισχυριστεί ότι φτάνοντας ένα κύτταρο στο τέλος της ζωής του, μετατρέπεται σε δύο καινούρια. Άρα, το τέλος της ζωής του ενός είναι η αρχή της ζωής δύο άλλων. Η διχοτόμηση αναφέρεται πολύ συχνά και ως κυτταρική διαίρεση.

Υπάρχουν κύτταρα που σκοπεύουν να διχοτομηθούν στο τέλος της ζωής τους και κύτταρα που δεν έχουν αυτό το σκοπό. Τα πρώτα έχουν πιο πολύπλοκη ζωή από τα δεύτερα. Είναι και τα πιο ενδιαφέροντα, γιατί αυτά μόνο πραγματοποιούν τη διαδικασία που ονομάζεται αντιγραφή του DNA, δηλαδή αντιγραφή του γενετικού υλικού. Η αντιγραφή αποσκοπεί στη διατήρηση και μεταβίβαση του DNA στην επόμενη κυτταρική γενιά, δηλαδή στα δύο νέα κύτταρα. Συνήθως, το κύτταρο που διχοτομείται αποκαλείται μητρικό και τα δύο νέα που προκύπτουν αποκαλούνται θυγατρικά. Το μητρικό κύτταρο έχει ένα συγκεκριμένο ποσό DNA, που είναι χαρακτηριστικό σε κάθε είδος οργανισμού. Πριν διχοτομηθεί, αντιγράφει το DNA αυτό, δηλαδή κατασκευάζει «άλλο τόσο». Ο πρόσκαιρος διπλασιασμός του DNA συμβαίνει για να λάβουν τα δύο νέα κύτταρα ίδιο ποσό γενετικού υλικού με αυτό που κατείχε το μητρικό κύτταρο. Είναι προφανές πως αν δε συνέβαινε η αντιγραφή, τα δύο νέα κύτταρα θα κληρονομούσαν λιγότερο DNA, συγκριτικά με αυτό που διαθέτει το μητρικό. Με τη σειρά τους, θα κληροδοτούσαν ακόμα λιγότερο DNA στους δικούς τους κυτταρικούς απογόνους, όταν θα διχοτομούνταν κι αυτά. Αυτό, όμως, είναι ασύμβατο με τη ζωή. Κάθε κύτταρο οφείλει να έχει το συγκεκριμένο ποσό γενετικού υλικού που χαρακτηρίζει το είδος του. Φυσικά, τα κύτταρα εκείνα που δε σκοπεύουν να διχοτομηθούν, δεν έχουν και λόγο να αντιγράψουν το DNA τους. Εμείς θα ασχοληθούμε με τα άλλα.

Η ζωή του διαιρούμενου κυττάρου χωρίζεται σε δύο φάσεις. Η πρώτη φάση ονομάζεται μεσόφαση και καταλαμβάνει, κατά κανόνα, το μεγαλύτερο μέρος της ζωής του. Η δεύτερη φάση ονομάζεται μίτωση (Μ) και περιλαμβάνει συγκεκριμένα γεγονότα, που οδηγούν το κύτταρο σε μια επιτυχή διχοτόμηση. Η μεσόφαση χωρίζεται σε τρία στάδια (G1, S, G2), τα οποία επίσης δεν έχουν ίση διάρκεια. Όλα αυτά φαίνονται και στο παρακάτω σχήμα.

cell-cycle

Όπως υποννοεί το βέλος στην εσωτερική περιφέρεια του σχήματος, η ζωή του κυττάρου ξεκινάει με το στάδιο G1. Δεν υπάρχει λόγος να ασχοληθούμε με το τι ακριβώς συμβαίνει σε κάθε στάδιο της μεσόφασης. Η αντιγραφή, ωστόσο, συμβαίνει στο στάδιο S της μεσόφασης. Το στάδιο αυτό δανείζεται το αρχικό γράμμα της λέξης «synthesis», που υποδηλώνει τη σύνθεση των νέων μορίων DNA. Όλα, ανεξαιρέτως, τα υπάρχοντα μόρια DNA αντιγράφονται στο στάδιο αυτό. Σε κάθε μόριο, καθένας από τους δύο κλώνους χρησιμεύει ως καλούπι για τη σύνθεση νέου, συμπληρωματικού κλώνου. Η διαδικασία είναι αρκετά πολύπλοκη και περιγράφεται στο ακόλουθο video.

Στην αρχή του video (0:00 – 0:25), παρουσιάζεται μια θηλιά αντιγραφής. Παρά τα όσα φαίνονται στο video, σε κάθε θηλιά αντιγραφής λειτουργούν δύο ελικάσες, οι οποίες «ανοίγουν» το μόριο του DNA προς αντίθετες κατευθύνσεις. Έτσι, δημιουργούνται δύο διχάλες αντιγραφής, οι οποίες απομακρύνονται. Στη συνέχεια του video (0:26 – 0:43) παρουσιάζεται η συμπληρωματικότητα των αζωτούχων βάσεων, ως απόρροια δράσης της πολυμεράσης και ύστερα (0:44 – 2:27), παρουσιάζονται τα γεγονότα που συμβαίνουν σε μία από τις δύο διχάλες αντιγραφής.

 

Διευκρινίσεις:

Origin of replication site: θέση έναρξης αντιγραφής

Helicase: DNA ελικάση

Primase: πριμόσωμα

RNA primer: πρωταρχικό τμήμα RNA

DNA polymerase: DNA πολυμεράση

DNA ligase: DNA δεσμάση

Single-strand binding protein: πρωτεΐνη που διατηρεί το DNA τοπικά μονόκλωνο, προκειμένου να μην «ξαναζευγαρώσουν» οι αζωτούχες βάσεις των αρχικών κλώνων

Okazaki fragment: τμήμα ασυνεχούς σύνθεσης

Nucleotide replacement enzyme: ένζυμα (πολυμεράσες) που αντικαθιστούν τα πρωταρχικά τμήματα με τμήματα DNA

Υπόδειγμα άσκησης στο κεφάλαιο 2 της βιολογίας κατεύθυνσης

Στο παρακάτω τμήμα DNA εντοπίστε:

α. το μήκος του διακεκομμένου γονιδίου (χωρίς τις αμετάφραστες περιοχές του)

β. τον κωδικό κλώνο του γονιδίου

γ. την αλληλουχία του εσωνίου, αν η ακολουθία αμινοξέων που κωδικοποιείται από το γονίδιο είναι:

met – gln – arg – val – asn – ala – pro – leu – leu – arg – his

5′ CCGAATGCAACGGGTAAATGCACGGCTTAGGTACAATCATTACTTAGACATTAGCCAGA 3′

3′ GGCTTACGTTGCCCATTTACGTGCCGAATCCATGTTAGTAATGAATCTGTAATCGGTCT 5′

 

Λύση…

Επειδή το γονίδιο κωδικοποιεί πεπτίδιο, είναι σίγουρο ότι στον κωδικό του κλώνο θα υπάρχει κωδικόνιο έναρξης (5′ ATG 3′) και κωδικόνιο λήξης (5′ TGA 3′ ή 5′ TAA 3′ ή 5′ TAG 3′). Παρά το γεγονός ότι ο γενετικός κώδικας είναι συνεχής και μη επικαλυπτόμενος κώδικας τριπλέτας, ο ενδιάμεσος αριθμός νουκλεοτιδίων δεν είναι απαραίτητα πολλαπλάσιος του τρία, λόγω της ύπαρξης του εσωνίου, το οποίο καλούμαστε να ανακαλύψουμε. Θα μας βοηθήσει σε αυτό η ακολουθία αμινοξέων που παρατίθεται παραπάνω.

Είναι γεγονός ότι όποιον κλώνο κι αν «διαβάσουμε» από το 5′ άκρο προς το 3′ άκρο, συναντάμε πιθανό κωδικόνιο έναρξης ATG. Το ίδιο ισχύει και για το κωδικόνιο λήξης. Εκείνο το στοιχείο, λοιπόν, που θα μας οδηγήσει στην ανακάλυψη του κωδικού κλώνου είναι η αντιστοίχιση κωδικονίων – αμινοξέων. Αμέσως μετά το κωδικόνιο έναρξης του άνω κλώνου υπάρχει η τριπλέτα CAA που κωδικοποιεί τη γλουταμίνη (gln), ενώ αμέσως μετά το κωδικόνιο έναρξης του κάτω κλώνου δεν υπάρχει τριπλέτα που να κωδικοποιεί το συγκεκριμένο αμινοξύ. Στο σημείο αυτό, θα μπορούσε κάλλιστα κάποιος να σκεφτεί πως αμέσως μετά το ATG του κάτω κλώνου ξεκινάει το εσώνιο του γονιδίου. Κάτι τέτοιο όμως δεν ισχύει, αφού πουθενά στη συνέχεια δε μπορούμε να εντοπίσουμε τριπλέτα CAA ή CAG (της γλουταμίνης), παρά μόνο αν υποθέσουμε πως υπάρχουν κι άλλα εσώνια. Η υπόθεση, όμως, αυτή είναι ασύμβατη με την εκφώνηση της άσκησης, η οποία διευκρινίζει πως το εσώνιο είναι μονάχα ένα. Άρα, ο κωδικός κλώνος είναι ο άνω.

Μετά το κωδικόνιο CAA, υπάρχει η τριπλέτα CGG. Αν κωδικοποιεί την αργινίνη (arg), τότε εξακολουθούμε να διαβάζουμε μέρος του πρώτου εξωνίου. Πράγματι, κωδικοποιεί το συγκεκριμένο αμινοξύ, οπότε «βαδίζουμε» ορθά. Κινούμενοι με τον ίδιο τρόπο, διαπιστώνουμε συμφωνία μεταξύ τριπλετών και αμινοξέων μέχρι και το αμινοξύ αλανίνη (ala). Στη συνέχεια, η τριπλέτα CGG δεν αντιστοιχεί στην προλίνη (pro). Άρα, κάπου εδώ ξεκινάει το εσώνιο, το οποίο αναζητούμε. Δεν πρέπει όμως, να ξεχνάμε πως τα εσώνια μπορεί να παρεμβάλονται ακόμα και εντός των κωδικονίων. Δηλαδή, δεν είναι απαραίτητο να ξεκινούν μετά την τρίτη βάση ενός κωδικονίου και να εκτείνονται μέχρι την πρώτη βάση του επόμενου κωδικονίου. Έτσι συμβαίνει κι εδώ. Το κωδικόνιο CCx της προλίνης (όπου x, οποιαδήποτε βάση) έχει την πρώτη του βάση πριν το εσώνιο και τις δύο επόμενες βάσεις του μετά το εσώνιο. Εδώ, γεννιέται αναπόφευκτα το ερώτημα σχετικά με το πού τελείωνει το εσώνιο; Αυτό θα το ανακαλύψουμε ψάχνοντας πού υπάρχει ο συνδυασμός (διάδα) μιας C (ως δεύτερη βάση του κωδικονίου προλίνης) με μια οποιαδήποτε επόμενη βάση (ως τρίτη βάση του κωδικονίου αυτού). Είναι λογικό ο συνδυασμός αυτός να υπάρχει σε αρκετά σημεία, πράγμα που οδηγεί σε σύγχυση. Η σύγχυση όμως αυτή παρακάμπτεται, αν σκεφτούμε πως η αμέσως επόμενη τριπλέτα πρέπει να κωδικοποιεί τη λευκίνη  (leu). Πρέπει, δηλαδή να είναι μία από τις TTA, TTG, CTT, CTA, CTC και CTG. Ο μόνος τρόπος για να ικανοποιηθεί κάτι τέτοιο είναι να θεωρήσουμε πως παρεμβάλεται, στον κωδικό κλώνο, εσώνιο με την αλληλουχία των 14 βάσεων GGCTTAGGTACAAT. Από ‘κει κι έπειτα, οι τριπλέτες ταιριάζουν με τα υπόλοιπα αμινοξέα, ενώ υπάρχει και το απαραίτητο κωδικόνιο λήξης (TAG) στο τέλος.

Αξίζει να σημειωθεί ότι ο πίνακας του γενετικού κώδικα παρουσιάζει τα κωδικόνια σε επίπεδο mRNA, ενώ στην εξήγηση της άσκησης χρησιμοποιούμε τα κωδικόνια σε επίπεδο (κωδικού κλώνου του) DNA. Αυτό, όμως, δεν αποτελεί πρόβλημα, επειδή η αλληλουχία τους είναι ίδια, με τη διαφορά ότι τοποθετούμε Τ όπου U.

Συμπερασματικά, το μήκος του γονιδίου (εξώνια και εσώνιο, συνολικά) είναι 50 ζεύγη βάσεων. Αναλυτικά, τα πρώτα 19 ζεύγη βάσεων αποτελούν το πρώτο εξώνιο, τα επόμενα 14 ζεύγη βάσεων αποτελούν το εσώνιο και τα τελευταία 17 ζεύγη βάσεων αποτελούν το δεύτερο εξώνιο (μαζί με το κωδικόνιο λήξης).

Όσο για την αλληλουχία του εσωνίου, αυτή είναι:

5’… GGCTTAGGTACAAT …3′

3’… CCGAATCCATGTTA …5′

 

Ο γενετικός κώδικας (στη “γλώσσα” του mRNA και με προσανατολισμό 5′ → 3′)

UUU

φαινυλαλανίνη

(phe)

UCU

σερίνη

(ser)

UAU

τυροσίνη

(tyr)

UGU

κυστεΐνη

(cys)

UUC

UCC

UAC

UGC

UUA

λευκίνη

(leu)

UCA

UAA

[λήξη]

UGA

[λήξη]

UUG

UCG

UAG

UGG

τρυπτοφάνη

(trp)

CUU

λευκίνη

(leu)

CCU

προλίνη

(pro)

CAU

ιστιδίνη

(his)

CGU

αργινίνη

(arg)

CUC

CCC

CAC

CGC

CUA

CCA

CAA

γλουταμίνη

(gln)

CGA

CUG

CCG

CAG

CGG

AUU

ισολευκίνη

(ile)

ACU

θρεονίνη

(thr)

AAU

ασπαραγγίνη

(asn)

AGU

σερίνη

(ser)

AUC

ACC

AAC

AGC

AUA

ACA

AAA

λυσίνη

(lys)

AGA

αργινίνη

(arg)

AUG

μεθειονίνη

(met) – [έναρξη]

ACG

AAG

AGG

GUU

βαλίνη

(val)

GCU

αλανίνη

(ala)

GAU

ασπαρτικό οξύ

(asp)

GGU

γλυκίνη

(gly)

GUC

GCC

GAC

GGC

GUA

GCA

GAA

γλουταμινικό οξύ

(glu)

GGA

GUG

GCG

GAG

GGG